Tras dos años en el equipo de su localidad, el Porto se fijó en sus condiciones y se lo llevó, para que en principio forme parte de sus equipos juveniles, aunque al cabo de algunos meses, el pequeño Fernando ya había conquistado a todos en el club, y el entrenador Jose María Pedroto lo ascendió al primer equipo del “dragão”, debutando nada más ni nada menos que en un clásico de Portugal ante el Benfica.
En poco tiempo, Pavão se convirtió en una de las figuras del Porto, al punto de que fue elegido como capitán por sus compañeros, logrando ser el futbolista más joven en llevar esta distintiva cinta en la historia del club. En la temporada 1967/68, ayudó a la institución a quedarse con la final de la Copa de la Liga, al derrotar al Vitoria Setúbal en la final por 2 a 1.